Konstantinos tiếp tục cuộc thanh trừng được tiến hành bởi Zoe và Theodora nhằm loại bỏ những kẻ thân tín của Mikhael V ra khỏi triều đình.[7] Vị Hoàng đế có niềm hứng khởi và hay thiên về những vụ bạo lực mưu phản.[8] Ông bị ảnh hưởng nặng nề bởi người tình của mình là Maria Skleraina, cô cháu gái của bà vợ thứ hai và họ hàng của Maria. Tháng 8 năm 1042, dưới ảnh hưởng của gia tộc Skleroi,[9] hoàng đế cho thuyên chuyển chức vụ tư lệnh ở Ý của Tướng George Maniakes, khiến ông này nổi loạn, tự xưng đế vào tháng 9 cùng năm.[10] Ông điều quân của mình vào khu vực Balkan và sắp sửa đánh bại quân đội của Konstantinos trong trận chiến, nhưng cuối cùng bị thương và tử trận nơi sa trường, kết thúc cuộc khủng hoảng vào năm 1043.[11]

Ngay sau khi chiến thắng, Konstantinos lại phải đối mặt với cuộc tấn công trên biển từ Rus Kiev;[11] "khó mà chối cãi rằng một phân đội của Rus đã tham gia vào cuộc nổi loạn Maniakes".[12] Họ cũng bị đánh bại với sự giúp đỡ từ ngọn lửa Hy Lạp.[13] Konstantinos liền gả cô con gái của mình là Anastasia cho vị Thân vương tương lai Vsevolod I của Kiev, đứa con cưng của Yaroslav I Thông thái với Ingegerd Olofsdotter.

Ân sủng của Konstantinos IX với Maria Skleraina trong những năm đầu triều đại của ông làm lây lan lời đồn rằng cô đang lên kế hoạch mưu sát Zoe và Theodora.[14] Điều này dẫn đến một cuộc tổng nổi dậy của các cư dân thành Constantinopolis vào năm 1044, gây nguy hại thực sự đến tính mạng của Konstantinos đang tham dự một đám rước tôn giáo dọc theo đường phố Constantinopolis.[15] Đám đông chỉ dịu lại chỉ khi Zoe và Theodora xuất hiện trên ban công cung điện, trấn an mọi người rằng họ chưa gặp bất kỳ nguy cơ ám sát nào cả.[15]

Năm 1045, Konstantinos cho sáp nhập vương quốc Ani Armenia,[16] theo một hiệp ước giữa vua John Smbat và Basil II, nhưng việc mở rộng này chỉ làm tăng thêm những kẻ thù mới cho đế chế. Năm 1046, Đông La Mã đã có cuộc tiếp xúc lần đầu tiên với người Thổ Seljuk.[17] Họ gặp nhau trong trận chiến ở Armenia vào năm 1048 và kết thúc với một hòa ước vào năm sau.[18] Ngay cả khi các nhà lãnh đạo Seljuk đã sẵn sàng tuân thủ hòa ước, đồng minh Turcoman ngang bướng của họ đã ít nhiều cho thấy sự không tự kiềm chế được. Vì vậy mà Konstantinos đã làm yếu đi thực lực của quân đội Đông La Mã về sau sẽ dẫn đến thất bại thảm hại của họ trong trận Manzikert vào năm 1071.[19] Konstantinos cũng bắt đầu đàn áp Giáo hội Armenia, cố gắng buộc nó hợp nhất với Giáo hội Chính Thống giáo.[17]

Năm 1047, Konstantinos đã phải đối mặt với cuộc nổi loạn của đứa cháu Leo Tornikios ở Adrianople.[9] Tornikios được sự ủng hộ tại hầu hết xứ Thracia và tốn công vô ích để chiếm Constantinopolis. Buộc phải rút lui, Tornikios thất bại trong cuộc vây hãm khác và bị bắt khi đang trốn thoát.[19] Cuộc nổi loạn đã làm suy yếu sức đề kháng của Đông La Mã tại khu vực Balkan, vùng này còn bị người Pecheneg đột kích vào năm 1048 và tiếp tục cướp bóc thêm năm năm nữa.[20] Những nỗ lực của hoàng đế nhằm kiềm chế kẻ thù thông qua ngoại giao chỉ làm tình hình càng thêm trầm trọng, các nhà lãnh đạo Pecheneg thù địch cứ gây xung đột trên lãnh thổ Đông La Mã và người dân Pecheneg lại được phép sống ở khu định cư nhỏ gọn tại vùng Balkan, khiến triều đình khó mà dẹp yên cuộc nổi loạn của họ.[21] Đối mặt với khó khăn như vậy, Konstantinos đành phải đi tìm sự hỗ trợ của Vương quốc Hungary.

Ở trong nước, Konstantinos còn phải tìm cách củng cố ngôi vị của mình bằng cách biệt đãi giới quý tộc (dynatoi), cấp giấy miễn trừ thuế hào phóng với những điền chủ và chức sắc lớn. Tương tự như vậy, ông dường như còn trông cậy vào hệ thống pronoia, một loại hợp đồng phong kiến ​​Đông La Mã, theo đó thì những khoảnh đất (hoặc doanh thu thuế từ nó) được cấp cho các cá nhân cụ thể để đổi lấy đóng góp và duy trì lực lượng quân sự.[4][22] Cả hai phương cách này dần dần làm tổn hại đến hiệu quả của nhà nước và đóng góp vào sự phát triển của cuộc khủng hoảng đã nhấn chìm Byzantium vào nửa sau của thế kỷ thứ 11.

Vào năm 1054 sự khác biệt hàng thế kỷ giữa Giáo hội Hy Lạp và La Mã đã dẫn đến cuộc ly giáo cuối cùng.[23] Viên sứ thần của Giáo hoàng Leo IX đã rút phép thông công của Thượng phụ Constantinople Michael Keroularios khi Keroularios không đồng ý hành lễ theo Giáo hội phương Tây, mà ngược lại Keroularios còn rút phép thông công sứ thần của Giáo hoàng.[24] Điều này đã phá hoại những nỗ lực của Konstantinos nhằm trở thành đồng minh với Giáo hoàng để chống lại người Norman, mà họ đã lợi dụng sự biến mất của Maniakes để nhảy vào tiếp quản miền Nam nước Ý.[25]

Konstantinos cố gắng can thiệp nội tình, nhưng chưa kịp làm gì thì ông đã ngã bệnh và qua đời vào ngày 11 tháng 1 năm sau.[26] Mặc dù hoàng đế được sự thuyết phục của hội đồng hoàng gia, chủ yếu là logothetes tou dromou John, bỏ qua quyền lợi của Theodora và truyền lại ngôi vị cho doux của Bulgaria là Nikephoros Proteuon,[27] trưởng nữ của Konstantinos VIII, Theodora từng trị vì cùng với người chị của bà là Zoe kể từ năm 1042, được triều thần rước khỏi chốn thiền viện và trở về làm hoàng hậu.[28]

Nhìn chung, triều đại của Konstantinos IX là một thảm họa cho Đế quốc Đông La Mã,[2] đặc biệt, sự yếu kém quân sự mà ông chịu trách nhiệm chính chủ yếu góp phần vào việc để mất Tiểu Á tiếp theo vào tay người Thổ sau trận chiến Manzikert năm 1071.